Koronavīrusa izcelsme: genoma analīze liecina, ka divi vīrusi varētu būt apvienojušies

Attēls, izmantojot Michal Ico / Unsplash

Šis Aleksandra Hasanina raksts šeit tiek atkārtoti publicēts ar Saruna . Šis saturs tiek kopīgots šeit, jo šī tēma var interesēt Snopes lasītājus, tomēr tas neatspoguļo Snopes faktu pārbaudītāju vai redaktoru darbu.




Dažu nedēļu laikā mēs visi esam daudz iemācījušies par COVID-19 un vīrusu, kas to izraisa: SARS-CoV-2. Bet ir bijis arī daudz baumu. Un, lai gan zinātnisko rakstu par šo vīrusu skaits palielinās, joprojām ir daudz pelēko zonu attiecībā uz tā izcelsmi.

Kurās dzīvnieku sugās tas notika? Sikspārnis, pangolīns vai cita savvaļas suga? No kurienes tas rodas? No alas vai meža Ķīnas provincē Hubei vai citur?

2019. gada decembrī 27 no pirmajiem 41 hospitalizētajiem cilvēkiem (66%) izgāja cauri tirgum Uhaņas pilsētas centrā Hubei provincē. Bet, saskaņā ar a pētījums, kas veikts Uhaņas slimnīcā , pats pirmais identificētais gadījums ar cilvēkiem šajā tirgū nebija izplatīts. Tā vietā molekulārā datējuma novērtējums, kas balstīts uz SARS-CoV-2 genoma sekvencēm norāda izcelsmi novembrī. Tas rada jautājumus par saikni starp šo COVID-19 epidēmiju un savvaļas dzīvniekiem.



es nekad neesmu vēlējies vīrietim mirušu citātu

Genomikas dati

The SARS-CoV-2 genoms ātri sekvencēja ķīniešu pētnieki. Tas ir RNS molekula ar apmēram 30 000 bāzēm, kas satur 15 gēnus, ieskaitot S gēnu, kas kodē olbaltumvielu, kas atrodas uz vīrusa apvalka virsmas (salīdzinājumam, mūsu genoms ir DNS dubultās spirāles formā, kura izmērs ir aptuveni 3 miljardi bāzu, un satur apmēram 30 000 gēnu).

Salīdzinošs genomiskās analīzes ir parādījuši, ka SARS-CoV-2 pieder pie Betakoronavīrusi un ka tas ir ļoti tuvu SARS-CoV , kas ir atbildīga par akūtas pneimonijas epidēmiju, kas 2002. gada novembrī parādījās Ķīnas provincē Guangdong un pēc tam 2003. gadā izplatījās 29 valstīs. Kopumā tika reģistrēti 8098 gadījumi, tostarp 774 nāves gadījumi. Ir zināms, ka ģints sikspārņi Rhinolophus (iespējams, vairākas alu sugas) bija šī vīrusa rezervuārs un ka mazs plēsējs, palmu cibets ( Paguma larvata ), iespējams, kalpoja kā starpnieks saimnieks starp sikspārņiem un pirmajiem cilvēkiem gadījumiem.

Kopš tā laika daudzi Betakoronavīrusi ir atklāti galvenokārt sikspārņiem, bet arī cilvēkiem. Piemēram, RaTG13, izolēts no sugas sikspārņa Saistīti ar Rhinolophidae apkopots Ķīnas Junana provincē, nesen tika raksturots kā ļoti līdzīgs SARS-CoV-2, ar genoma sekvences, kas identiskas 96% . Šie rezultāti norāda, ka sikspārņi un jo īpaši ģints sugas Rhinolophus , veido SARS-CoV un SARS-CoV-2 vīrusu rezervuāru.



Viens, Saistīti ar Rhinolophidae .
Aleksandrs Hasanins,Autors sniedza

Bet kā jūs definējat rezervuāru? Rezervuārs ir viena vai vairākas dzīvnieku sugas, kas nav vai nav īpaši jutīgas pret vīrusu, kas dabiski uzņem vienu vai vairākus vīrusus. Slimības simptomu neesamība ir izskaidrojama ar viņu imūnsistēmas efektivitāti, kas ļauj viņiem cīnīties pret pārāk lielu vīrusu izplatīšanos.

dienvidrietumos atdodot bezmaksas biļetes facebook

Rekombinācijas mehānisms

2020. gada 7. februārī mēs uzzinājām, ka pangolīnā ir atklāts vēl tuvāks SARS-CoV-2 vīruss. Ar 99% no ziņots par genomisko atbilstību , tas ieteica daudz ticamāku ūdenskrātuvi nekā sikspārņi. Tomēr a nesen veiktais pētījums rāda, ka no Malaizijas pangolīna izolētā koronavīrusa genoms ( Manis javanica ) ir mazāk līdzīgs SARS-Cov-2, ar tikai 90% genoma atbilstības. Tas liecinātu, ka pangolīnā izolētais vīruss nav atbildīgs par pašlaik plosošo COVID-19 epidēmiju.

Tomēr no pangolīna izolētais koronavīruss ir līdzīgs par 99% konkrētā S proteīna reģionā, kas atbilst 74 aminoskābēm, kas iesaistītas ACE (Angiotensin Converting Enzyme 2) receptoru saistošajā domēnā, kas ļauj vīrusam iekļūt cilvēka šūnas, lai tās inficētu. Turpretī no sikspārņa izolēts vīruss RaTG13 R. saistīts šajā konkrētajā reģionā ir ļoti atšķirīgs (tikai 77% līdzības). Tas nozīmē, ka no pangolīna izolētais koronavīruss spēj iekļūt cilvēka šūnās, bet tas, kas izolēts no sikspārņa R. saistīts nav.

Turklāt šie genomiskie salīdzinājumi liecina, ka SARS-Cov-2 vīruss ir divu dažādu vīrusu rekombinācijas rezultāts, viens tuvu RaTG13 un otrs tuvāk pangolīna vīrusam. Citiem vārdiem sakot, tā ir himēra starp diviem jau esošiem vīrusiem.

Koronavīruss no pangolīna varētu būt viens no COVID-19 avotiem.
Savvaļas dzīvnieku alianse / Flickr , CC BY

Šim rekombinācijas mehānismam bija jau aprakstīts koronavīrusos, jo īpaši, lai izskaidrotu SARS-CoV izcelsmi. Ir svarīgi zināt, ka rekombinācijas rezultātā rodas jauns vīruss, kas potenciāli spēj inficēt jaunu saimniekorganismu sugu. Lai notiktu rekombinācija, abiem atšķirīgajiem vīrusiem jābūt inficētiem vienlaicīgi ar vienu un to pašu organismu.

Amerikas iznīcināšana būs mana mūža darba kulminācija

Divi jautājumi paliek neatbildēti: kurā organismā notika šī rekombinācija? (sikspārnis, pangolīns vai cita suga?) Un galvenokārt - kādos apstākļos šī rekombinācija notika?


Aleksandrs Hasanins , Asociētais profesors (HDR) Sorbonnas universitātē, ISYEB - Bioloģiskās daudzveidības sistemātikas institūts (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Nacionālais dabas vēstures muzejs (MNHN)

Šis raksts ir pārpublicēts no Saruna saskaņā ar Creative Commons licenci. Lasīt oriģināls raksts .